Der Vorstand kann zur Förderung der wissenschaftlichen Arbeit in Teilgebieten der Phytomedizin Arbeitskreise bilden. Ihm obliegt ihre inhaltliche Schwerpunktsetzung, Benennung oder Auflösung.

Die Leiter der Arbeitskreise und ihre Vertreter werden bei Einrichtung eines neuen Arbeitskreises oder Vakanz der Positionen vom Vorstand für die Dauer von bis zu zwei Jahren bis zu seiner Konsolidierung bestimmt.

Die Leiter der Arbeitskreise berichten dem Vorstand regelmäßig.

Innerhalb der Arbeitskreise können Arbeitskreisleiter und Vorstand einvernehmlich Projektgruppen einsetzen oder auflösen und die Projektgruppenleiterpositionen besetzen. Projektgruppen sollen spezielle Fragestellungen bearbeiten.